La AECID en Guatemala actúa, fundamentalmente, mediante programas, proyectos y asistencias técnicas. Es un tipo de cooperación directa que se realiza a partir de subvenciones de Estado a entidades gubernamentales y municipalidades. Adicionalmente, en el año 2006, en el marco de la reconstrucción Post- Tormenta Stan, se ha puesto en marcha un Apoyo Presupuestario. Y, durante el 2008, se iniciará un Apoyo Sectorial en Educación.

A través de la Oficina Técnica de Cooperación (OTC), se trabaja en diversos programas de cooperación bilateral en los sectores señalados como prioritarios, tanto en el Documento de Estrategia País (DEP) como en la VI Comisión Mixta. De este modo, las prioridades establecidas en el Plan Director de la Cooperación Española 2005-2008 se concretan en Guatemala en cinco programas: Programa de Gobernabilidad, Programa de Desarrollo Local Sostenible, Programa de Cohesión Social, Programa de Patrimonio Cultural y Programa de Reconstrucción Post-Stan.